"Gundam SEED - seria, która oczarowała całe pokolenie fanów anime - powraca z wyczekiwaną kontynuacją po 20 latach, i to na ekrany kin, z zupełnie nową opowieścią! Odkryjcie na nowo serię Gundam SEED dzięki przepełnionej akcją przygodzie na dużym ekranie!" W 75 roku K.E. walki nadal trwają. Pojawiają się ruchy niepodległościowe i agresja ze strony Blue Cosmos... Aby uspokoić sytuację, powstaje globalna agencja monitorująca pokój o nazwie COMPASS, której pierwszym przewodniczącym zostaje Lacus. Jako członkowie COMPASS, Kira i jego towarzysze interweniują w różnych regionalnych bitwach. Wtedy nowo powstały naród o nazwie Foundation proponuje wspólną operację przeciwko twierdzy Blue Cosmos.